На всех batch машинах созданы директории для хранения данных в процессе работы batch задания. Существует переменная окружения TMPDIR, которая устанавливается каждый раз при запуске задания и указывает на директорию, где задача записывает свои данные.

В BATCH системе доступна информация находящаяся в системе AFS (/afs/…), но недоступны scratch директории (/scrc/u/), общие для всех интерактивных машин lxpubXX.jinr.ru , XX=01,02,03,04,05

Поэтому данные с каталогов  scratch  (/scrc/u/) нужно скопировать на batch машины Последовательность команд в pbs_ script файле должна выглядеть так:
cd $TMPDIR

scp  lxpub01://scrc/u/»$USER»/progs/myprog myprog

scp  lxpub01://scrc/u/»$USER»/mydata/file.in file.in

./myprog < file.in >file.out
scp  file.out lxpub01://scrc/u/»$USER»/mydata/file.out